近年來，由于分子生物技術的發達，昆蟲的鑒定方法不再局限于外部形態的鑒定；目前應用于鑒定植物害蟲之分子生物技術中，又以聚合(酉每)連鎖反應(polymerase chain reaction, PCR)技術最為普遍被運用，PCR技術應用上最關鍵之要素為專一性引子對，一對可順利增幅出害蟲核酸物質上特異性片段用以驗明正身之引子對，配合PCR測試儀及適當的反應條件，即可在數小時內完成鑒定工作。為提昇鑒定之效率與準確率，PCR技術的應用更加多元化，包括于測試時置入多組之引子對，用以偵測兩種以上PCR產物之Multuplex-PCR技術；或利用PCR技術中引子逢機性增幅測試物DNA片段，比對反應產物電泳分析圖譜差異，鑒定其類緣歸屬之RAPD-PCR技術(逢機增幅多形性去氧核(酉唐)核酸，Random amplified polymorphic DNA)；亦或將PCR技術所增幅出之DNA片段再利用限制(酉每)切割，經電泳分析后比對其限制(酉每)圖譜差異，用以判別是否為同族群或同種之PCR-RFLP技術(聚合(酉每)片段多形性分析，Restriction fragment length polymorphism)等。

　　除了PCR技術外，目前應用在植物害蟲鑒定上之分子生物技術尚包括同功異構?型態分析(Isozyme patterns)、DNA指紋技術(DNA fingerprinting)、微衛星DNA(microsatellite DNA)或迷你衛星DNA(minisatellite DNA)之應用、DNA定序等。此外，目前已有專家針對特定植物害蟲研發建立特定種類害蟲之專一性探針(probe)，日后可配合微陣列設備(microarray)及核酸微陣列點樣系統(spotting system)制成可同時鑒定多種重要害蟲或同種不同生理小種之基因晶片(DNA chip)。