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在對細菌、酵母、霉菌進行分類時,有多種方法檢測其相關性。對
酵母和霉菌來說,形態、繁殖、群體生化性質和代謝類型用來作為分類
標準。在細菌形態學中,革蘭染色特性、蛋白質組成、特殊蛋白質的氨
基酸序列、堿基組成(G+C的摩爾分數%)、核酸雜交(DNA和RNA)、核苷
酸堿基序列、計算機數值分類等也有采用。卜3蛋白質組成、氨基酸序
列、堿基組成、DNA和RNA雜交,以及核苷酸堿基序列都直接或間接地與
微生物的基因組成有關,因此能在基因水平上比較兩個微生物。若兩種
菌的(C+C)含量差異超過10%時,它們很有可能是沒有關系的。類似的
情況是,如果兩個菌株同源率超過90%就可認為它們是相同的。在核苷
酸堿基序列方面,一般比較菌株的16S rRNA序列。16srRNA約含有1500
個核苷酸堿基序列,而且它也是最穩定的,所以相關菌株具有高度的同
源性。在數值分類法中,對形態、生理、生化等性狀進行比較,每個性
狀賦予相同的權重,兩個同種的菌株應達到90%以上的相似度。
目前病毒間的進化關系還是未知的,其分類系統是建立在它們致病
性(比如肝炎病毒引起肝細胞炎癥)、核酸成分(RNA或DNA,單鏈或雙鏈)
和形態結構的不同上。在食品中,有兩種病毒很重要:細菌發酵劑培養
物和一些食源性致病菌的細菌病毒(噬菌體),以及與食源性疾病有關的
人體腸道致病病毒。
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