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開始時參與需氧光合作用中的氧氣可能與像二價鐵離子這樣的氧化
性的無機物質,形成鐵氧化物,例如Fe,0。和Fe:O,。但是后來,據
估計23億~24億年(Schopf,1978)或者更早,大氣中自由氧開始聚集逐
漸改變了非氧化性的大氣使之成為了明顯的氧化性的大氣。隨著大氣中
氧濃度的增加,一些生物開始有了生物化學催化活性并且其他分子包括
細胞色素可以轉移電子,細胞色素是包含鐵卟啉的蛋白質,它是起源于
光合原核生物葉綠素的鎂卟啉。細胞色素不能合并進入漿膜的電子傳遞
系統,因此使細胞部分代替還原性有機化合物處理過量的還原力(電子)
到分子氧上。細胞色素系統可能進行離散的反應過程(呼吸鏈
),在這些過程中,其代謝能可能通過保存在特殊的化學鍵中以備需能
反應后續利用。因為生物化學氧化還原反應引起特殊有毒的
超氧化物(02。)形成(Fridovich,1977),需氧生物需要產生特殊的保
護系統。這個保護系統包括超
Schopf等人(1983)認為原始利用氧的原核生物是微好氧生物;雖然
它們獲得了好氧代謝的能力,它們仍保留了厭氧生存的能力。(目前微
好氧生物被叫做兼性生物)根據Schopf等人的觀點(1983),從那開始20
億年前,專性好氧生物開始進化。Towe認為專性好氧菌出現于早期太古
代。不管怎樣,好氧菌被證實形成于20億年前。產生好氧生物的進化樹
很復雜,因為現在兼性原核生物包括一些可以利用硝酸鹽,亞鐵離子,
錳的氧化物,和/或氧化的無機物作為氧最終受體的呼吸系統的生物。
這種呼吸系統在大氣變得具有氧化性之前不存在,因為,除了亞鐵離子
大多數電子受體不能足夠的存在于還原性大氣中。
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