將病原菌從病株或病部挑取出來，這個過程叫做分離。分離的方法很多種，依照不同病原菌種類有不同方法如果是細菌，則可以將罹病組織先切開，這時使用一種工具，叫做移植環（有個把柄，握把塑膠製，末端一個小鐵環，半徑約1mm上下）環末端碰觸一下切開的位置，再來用末端開始涂抹培養基，基本上有個畫線的方法，不過只要有碰到，基本上就可以培養到細菌依照畫線模式是希望能夠得到單一顆菌落，菌落一詞適用于真菌和細菌，指培養在培養基上時，可以看到他們因為增生的關係，所以變成一圈，這個圈還會越變越大，直到該菌的生長能力停滯或是培養基養分耗盡為止取得單一菌落可以確保純度，用肉眼就可以確認是否遭到污染。此時我們就會將這些菌落在進行純培養，此舉是因為剛從組織上分下來。組織上還會有許多腐生菌。因此在分離后的培養基上，會有很多微生物在上面進一步的純培養可以降低我們要的菌被污染的風險，順便活化菌的活性如果是真菌，我們就要將前述罹病組織切下，直接放在培養基上面真菌的菌絲尖端可以生長，就像植物的根一樣，它們會開始蔓延，此時的培養基上可以看到絲狀構造，從組織處放射狀長出，這個一樣叫菌落。和細菌不同的是，真菌菌落多半毛茸茸，細菌則是濕答答。